Название работы	Кол-во страниц	Размер
Учебное пособие для вузов / Под ред. Я. С. Ядгарова. М.: Инфра-м...	1	66.08kb.
Учебное пособие по коллоидной химии для самоподготовки студентов.	3	545.03kb.
Егорова Н. Ю. С. Д., Бобров В. А. Менеджмент в домашнем хозяйстве...	15	6550.89kb.
Учебное пособие для студентов введение информационный менеджмент...	6	1963.26kb.
Учебное пособие для учащихся среднеспециальных учебных заведений...	3	844.54kb.
Учебное пособие для студентов высших учебных заведений	4	1747.19kb.
А. Н. Кислов атомная физика учебное электронное текстовое издание...	5	1467.3kb.
С. А. Гапонова, д-р психол наук, профессор, зав кафедрой социальной...	27	2833.57kb.
Учебное пособие предисловие	5	2452.11kb.
Учебное пособие для практических занятий по курсу «Теория электромеханических...	1	143.72kb.
Лабораторные работы по курсу Объектно-ориентированное программирование...	9	848.53kb.
Оперное искусство как фактор формирования ценностных ориентаций зрительской...	2	469.81kb.
Викторина для любознательных: «Занимательная биология»	1	9.92kb.

МИНИСТЕРСТВО ОБРАЗОВАНИЯ И НАУКИ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ

Новосибирский государственный университет

Факультет естественных наук

УТВЕРЖДАЮ

_______________________

"_____"__________________200__ г.

Учебное пособие

«Программирование для биологов»

разработано в рамках реализации Программы развития НИУ-НГУ

Кафедра информационной биологии

Новосибирск 2012
АННОТАЦИЯ

Данное учебное пособие посвящено изучению методов и алгоритмов анализа биологических данных, таких как геномные и протеомные последовательности, данные о воздействии различных веществ (включая лекарственные) на протекание биохимических процессов в организме и т.д. Особое внимание в пособии уделено изучению форматов представления данных генетики, молекулярной биологии и биомедицины. Учебное пособие разработано в рамках реализации Программы развития НИУ-НГУ.

Пособие состоит из четырёх основных разделов. Первый раздел посвящен базовым алгоритмическим конструкциям и современным принципам построения программных систем. Рассматриваются методы работы с файлами, синтаксический анализ XML-конструкций и конструирование собственных типов данных. В качестве базового языка программирования используется язык Java. Во втором разделе рассматриваются основные форматы описания биологических данных: форматы представления данных о нуклеотидных последовательностях (FASTA, GenBank и др.) и математических моделей биохимических реакций (SBML). Третий раздел пособия посвящен разработке и реализации методов анализа биологических данных и расчёту на их основе биологических характеристик. Рассматривается построение программ конвейерной обработки (pipe-line) биологических данных, в частности сырых экспериментальных данных, а также средства для полуавтоматической сборки таких конвейерных программ (в частности, система Taverna), а также программные интерфейсы (API) для написания встраиваемых модулей (plugins). В четвёртом разделе приведены примеры программ анализа биологических данных.

Пособие будет интересно молекулярным биологам, математикам, физикам, химикам, информатикам – сотрудникам университета, работникам научно-исследовательских институтов и студентам, интересующимся компьютерными инструментами обработки биологических данных. Актуальность курса обусловлена тем, что в настоящее время не существует пособий, дающих представление о методах и алгоритмах компьютерного анализа экспериментальных данных по молекулярной биологии, особенно в части построения программных систем конвейерной обработки таких данных.

Сведения об авторах: Сергей Александрович Лашин, научный сотрудник лаборатории молекулярно-генетических систем ИЦиГ СО РАН, старший преподаватель кафедры информационной биологии ФЕН НГУ, кандидат биологических наук. Афонников Дмитрий Аркадьевич, заведующий лабораторией эволюционной биоинформатики и теоретической генетики ИЦиГ СО РАН, доцент кафедры информационной биологии ФЕН НГУ, кандидат биологических наук.